Zastosowanie pierwotnych komórek zarodkowych w medycynie będzie prawdopodobnie wymagało uzyskania komórek pasujących do pacjenta pod względem genetycznym, aby uniknąć odrzucenia przeszczepów. Transfer jąder komórkowych, podstawowa technika klonowania, w zasadzie dostarczałaby takich komórek, ponieważ zarodek sklonowany z komórek pacjenta jest potencjalnym źródłem pierwotnych komórek zarodkowych. Jednak wciąż nie wyklucza to trudności. Może się na przykład okazać, że pierwotne komórki zarodkowe wywodzące się ze sklonowanych zarodków nie mają pełnego potencjału rozwojowego tak jak pochodzące z zarodków naturalnych. Rzeczywiście, wiele zarodków powstających w wyniku przeszczepiania jąder komórkowych wykazuje wady, prawdopodobnie wskutek nieprawidłowej ekspresji genów w zarodkach, które nie mają dwojga genetycznych.